梅州具有悠久的历史，据考古发现和近几年的文物普查统计，梅州有新石器时代文化遗址和遗物点398处。秦始皇设揭阳戍于揭岭飞泉径下，汉元鼎六年升格为县。东晋咸和六年（331年）析龙川县设兴宁县，治所在今五华华城镇，属东官郡。东晋义熙九年（413年）析海阳县设义招县，属义安郡。南齐永明元年（483年）析海阳县设程乡县，隋唐属潮阳郡。南汉乾和三年（945）即后晋开运二年，升程乡为敬州，领程乡县。　　宋开宝四年（971）因避宋太祖祖父赵敬之讳，改敬州为梅州。熙宁六年（1073）废梅州复置程乡县，隶属潮州。元丰五年（1082）复置梅州，领程乡县，属广南东路。绍兴六年（1136）废梅州复设程乡县，隶属湖州。绍兴十四年又复置梅州，仍领程乡县，属广南东路。元至元十六年（1279），梅州升为梅州路总管府，至元二十三年，复隆为梅州，领程乡县，属江西行中书省广东道宣尉使司。元贞元年（1295），梅州隶属潮州路，延祜五年（1318），改直隶广东道宣慰司。明洪武二年（1369），废梅州复置程乡县，属广东布政使司潮州府。　　清雍正十一年（1733），程乡升格为直隶嘉应州，统领兴宁、长乐、平远、镇平4县加上本属的程乡县称"嘉应五属"，直属广东省辖。嘉庆十二年（1807）升嘉应州为嘉应府。嘉庆十七年复为嘉应州，仍领兴宁、长乐、平远、镇平四县。宣统三年（1911），嘉应州复名梅州。民国3年（1914）废州府制，梅州改名梅县。　　中华人民共和国成立后，先后于1949年10月设置兴梅专区。1950年1月26日，国务院发文成立兴梅行政督察专员公署，辖梅县、兴宁、五华、大埔、丰顺、蕉岭、平远7县。1952年底撤销兴梅专区，兴梅7县改隶粤东行政区。1956年2月，粤东行政区分为惠阳、汕头两专区，兴梅7县属汕头专区。　　1965年7月设立梅县专区，原兴梅7县从汕头专区分出，归属梅县专区，后改为梅县地区。　　1979年3月，原梅县所辖梅州镇由区级升格为县级称梅州市后，梅县地区辖7县1市。　　1983年6月，梅州市与梅县合并改为梅县市后，梅县地区由所辖7县1市改为6县1市。　　1988年1月，广东实行市管县体制。　　1988年3月，梅县地区改为梅州市，辖原兴梅7县及新划县级区梅江区，共7县1区。　　1994年6月，兴宁县撤县设市（县级），梅州市即辖6县1区，并代管兴宁市。　　2013年11月，国务院正式批准同意梅州市撤销梅县，设立梅州市梅县区。　　截止2013年11月，因为梅县撤县设区，梅州市辖2个市辖区、5个县，代管1个县级市。